近日，国家税务总局发布《特别纳税调查调整及相互协商程序管理办法》(国家税务总局公告2017年第6号，以下简称《办法》)，《办法》是国家税务总局继发布《关于完善关联申报和同期资料管理有关事项的公告》(国家税务总局公告2016年第42号，以下简称42号公告)、《关于完善预约定价安排管理有关事项的公告》(国家税务总局公告2016年第64号，以下简称64号公告)之后再次出手，对《特别纳税调整实施办法(试行)》(国税发〔2009〕2号，以下简称2号文)相关内容的修订、完善。《办法》在2号文及其配套文件基础上，融入了BEPS行动计划的新要求，形成BEPS背景下转让定价新规的体系化集成。与2号文及其配套文件相比，《办法》主要有十二大变化，企业应予以关注，更好地应对新的税务挑战。
【很重要】新规！特别纳税调查调整的12项重大变化~~
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变化1：鼓励纳税人自行调整补税
《办法》援用《国家税务总局关于特别纳税调整监控管理有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第54号，以下简称54号公告）的相关规定，将风险管理的思路引入特别纳税调整，鼓励纳税人自行调整补税。
同时取消了54号公告第一条中“纳税人按照有关规定20日之内提供同期资料或者其他有关资料”的要求，减轻了纳税人在不同特别纳税调整风险程度上都必须提供同期资料或其他有关资料的负担。
《办法》还明确了自行调整补税时应当填报《特别纳税调整自行缴纳税款表》，解决了54号公告自行调整补税的具体申报程序问题。
变化2：扩大了调查调整范围
《办法》对特别纳税调查调整范围不再局限于2号文“转让定价调查调整”的范围，而是囊括了企业所得税法及其实施条例第六章和2号文所涵盖的所有“特别纳税调整”范围，即2017年5月1日《办法》施行后，特别纳税调查程序将适用于对企业的转让定价、成本分摊协议、受控外国企业、资本弱化、一般反避税等事项的特别纳税调查调整。
此外，《办法》将2号文第七十六条“并非由于合理的经营需要而对利润不作分配或者减少分配”内容置于重点关注对象中，预示着受控外国企业是否进行利润分配将纳入特别纳税调查调整管理；将“实施其他不具有合理商业目的的税收筹划或者安排”列入具有风险的重点关注对象，实质是将2号文一般反避税管理条款中涵盖的“其他不具有合理商业目的的安排”平移到《办法》中。
变化3：特别纳税调查程序有变化
《办法》第五条规定，只有对特别纳税调整立案调查的企业实施调查时，才需要向其送达《税务检查通知书（一）》。而2号文第三十二条规定，税务机关对已确定的调查对象现场调查时，调查人员应出示《税务检查证》，并送达《税务检查通知书》。
对于纳税人提供资料以及税务机关的取证要求，《办法》作出了具体规定。其中有许多新增规定，比如“以电子数据证明案件事实的”，首次明确了税务机关可以采取的取证方式。
变化4：完善了可比性分析
《办法》沿袭了2号文第二十二条可比性分析的内容，并参考OECD转让定价指南及42号公告的规定，作了修订和完善。
1.第十五条交易资产或者劳务特性中增加了“金融资产”，与42号公告关联交易类型增加了“金融资产”相匹配;
2.对于“合同条款”的分析，增加了“合同条款分析应当关注企业执行合同的能力与行为，以及关联方之间签署合同条款的可信度等”;
3.第十五条经济环境的分析中提出了中国税务机关一贯坚持的“成本节约、市场溢价等地域特殊因素”的分析。进行“地域特殊因素”分析，已成为42号公告同期资料“本地文档”中必不可少的组成部分。
在被调查企业可比性分析评估与选择上，要求：
1.应当在分析评估交易各方功能风险的基础上，选择功能相对简单的一方作为被测试对象;
2.在可比性分析的信息使用上，可以使用公开和非公开信息，但强调公开信息优先使用原则;
3.税务机关在分析评估被调查企业关联交易是否符合独立交易原则时，明确提出了“可比企业利润或价格的平均值的年度或逐年计算”，比之于四分位法，多了符合独立交易原则下的可比利润或可比价格的选择。
变化5：完善了转让定价方法